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La vie du sol : vers de terre, champignons et bactéries, les ouvriers invisibles de la fertilité

Sols vivants · Publié le 2026-10-27

Ver de terre rosé à la surface d'un sol couvert de résidus de culture, sous de jeunes plants
Ver de terre dans un champ cultivé sans labour, Dakota du Sud. Photographie de l'USDA NRCS, domaine public. Illustration générale.

Un sol agricole n'est pas un simple support minéral dans lequel on verse des engrais. C'est un milieu vivant, parmi les plus riches de la planète en nombre d'espèces, où vers de terre, insectes, champignons et bactéries transforment en permanence la matière organique, construisent la structure du sol et rendent les éléments nutritifs disponibles pour les plantes. L'agriculture biologique, qui se passe d'engrais solubles, dépend directement de ce travail invisible.

Qui vit dans le sol

Les biologistes classent les organismes du sol par taille. La macrofaune, visible à l'œil nu, comprend les vers de terre, les cloportes, les mille-pattes, les larves d'insectes, les fourmis. La mésofaune, de l'ordre du millimètre, regroupe surtout des acariens et des collemboles qui fragmentent les débris végétaux. La microfaune (protozoaires, nématodes) se nourrit en grande partie de bactéries et de champignons. Enfin, les micro-organismes, bactéries et champignons, assurent l'essentiel de la décomposition chimique de la matière organique.

Ces organismes forment un réseau trophique : les uns se nourrissent des débris végétaux, les autres de ceux qui les décomposent. Chaque étape libère des éléments minéraux (azote, phosphore, soufre) que les racines absorbent. C'est ce processus, la minéralisation, qui alimente les cultures en agriculture biologique, comme nous l'expliquons dans l'article sur la fertilisation organique.

Les vers de terre, ingénieurs du sol

Les vers de terre sont souvent appelés « ingénieurs de l'écosystème » parce qu'ils modifient physiquement leur milieu. On en distingue trois grands groupes écologiques :

Leurs galeries facilitent l'infiltration de l'eau et la pénétration des racines ; leurs déjections, les turricules, sont des agrégats stables riches en éléments nutritifs. Ils sont sensibles au labour profond et répété, qui détruit les galeries et expose les vers aux oiseaux, au tassement par les engins lourds sur sol humide, et à l'absence de nourriture quand le sol reste nu. Ils sont favorisés par les prairies, les couverts végétaux et les apports de matière organique.

Les champignons mycorhiziens

La plupart des plantes cultivées vivent en association avec des champignons du sol, les mycorhizes. Le champignon colonise les racines et développe dans le sol un réseau de filaments très fins, qui explore un volume bien plus grand que les racines seules. Il fournit à la plante de l'eau et des éléments peu mobiles, surtout le phosphore ; la plante lui donne en échange des sucres issus de la photosynthèse. Cette association est particulièrement utile en bio, où les sources de phosphore autorisées sont peu solubles.

Certaines pratiques réduisent les mycorhizes : le travail du sol intensif, qui coupe les réseaux de filaments, les longues périodes sans culture, et les cultures qui ne forment pas cette association, comme les crucifères (colza, moutarde). Les rotations diversifiées et les couverts végétaux composés de plusieurs espèces aident à maintenir les populations.

Les bactéries, chimistes du sol

Les bactéries sont les plus nombreuses et les plus diverses. Certaines décomposent la matière organique, d'autres transforment l'ammonium en nitrate (nitrification), d'autres encore fixent l'azote de l'air, soit librement dans le sol, soit en symbiose dans les nodosités des légumineuses. Leur activité dépend fortement de la température, de l'humidité, du pH et de la quantité de matière organique disponible. C'est pourquoi un sol froid et détrempé au printemps « fournit » peu d'azote, même s'il est riche.

Ce que la recherche publique mesure

La France dispose d'un réseau national de surveillance de la qualité des sols, le RMQS, coordonné par le groupement d'intérêt scientifique Gis Sol : des sites répartis selon une grille régulière sur tout le territoire sont échantillonnés pour mesurer, entre autres, la matière organique, les éléments traces et, depuis plusieurs campagnes, des indicateurs biologiques comme la biomasse microbienne et la diversité de l'ADN du sol. Les résultats montrent des écarts importants selon l'usage des sols, les prairies et forêts étant généralement plus riches en vie microbienne que les grandes cultures intensives. Le rapport de synthèse du Gis Sol sur l'état des sols de France est accessible sur gissol.fr.

Les agriculteurs et le grand public peuvent aussi contribuer : l'Observatoire participatif des vers de terre, porté par l'université de Rennes, propose des protocoles simples (test à la moutarde, test bêche) et rassemble les observations dans une base de données nationale.

Observer la vie de son sol sans laboratoire

  1. Le test bêche : extraire un bloc de terre d'une vingtaine de centimètres, l'ouvrir à la main, observer la structure (grumeleuse ou compacte), les racines, les galeries et les vers.
  2. Compter les turricules en surface au printemps, sur un carré d'un mètre de côté.
  3. Enterrer un tissu de coton ou un sachet de thé et l'exhumer quelques semaines plus tard : plus il est décomposé, plus l'activité biologique est forte.
  4. Observer l'infiltration après une forte pluie : flaques persistantes, ruissellement, croûte de battance sont des signaux d'alerte.
  5. Compléter par une analyse de laboratoire de la matière organique et, si besoin, d'indicateurs biologiques, comme nous l'expliquons dans l'article sur l'analyse de sol.

Aucune de ces observations ne suffit seule, mais leur répétition d'année en année, sur les mêmes parcelles et à la même saison, donne une image fiable de l'évolution d'un sol.

Sources

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